浙江紹興杭紹臨空示范區(qū)開發(fā)集團有限公司（區(qū)軌道交通集團）下設辦公室（黨建辦）、財務融資部、審計管理部、設計部（總師辦）、工程建設部、質量安全部、征地拆遷部、招商管理部。浙江紹興杭紹臨空示范區(qū)開發(fā)集團有限公司下設二級子公司10個，三級公司1個。區(qū)軌道交通下設二級子公司2個，三級子公司1個。